印尼与中国同意在南海共同开发两国重叠海域，引发各界担忧恐伤害国家主权。印尼官员表示，协议是为探索新的合作模式，而非在主权上让步；但专家警告协议仍有风险，且恐削弱印尼在区域上的领导地位。

印尼与中国在南海争议水域的共同开发协议，引发正反两极讨论，虽然印尼外交部随即表示，协议不代表承认中国在南海主权主张，且强调此举是为了促进「友好关系」且不会损害国家主权或权益，但风波仍持续延烧。 雅加达邮报（Jakarta Post）今天报导，总统普拉伯沃（Prabowo Subianto）出访秘鲁时，一名官员发表谈话时坚称，印尼仍维持其对中国在南海主权主张的立场，并指任何臆测都「不应超越」书面探索新合作的意图。

印尼外交部亚太和非洲事务司长卡迪尔（AbdulKadir Jailani）表示，「该（协议）文件概述双方将建立一个政府间的委员会以探讨合作模式，这代表将确定合作的地理范围等细节」。但他未提供明确时间表。中国驻雅加达大使馆则未给予回应。

卡迪尔指出，中国的主张破坏了「联合国海洋法公约」（UNCLOS），但与北京进行共同开发合作是基于2002年签署的「南海共同行为宣言」（DOC）精神，此协议支持在没有边界协议下进行合作。

他解释说：「总统曾在不同场合提出，这类合作可作为友好和谐关系的典范，使南海成为和平、稳定和繁荣的海域」。

不过，印尼国际法专家认为，官方解释的理由只是制造更多问题。印尼加札马达大学（UGM）专门研究海洋边界的研究员安迪（I Made Andi Arsana）说，承认与中国有重叠海域可能会削弱印尼作为区域领导者和调解者的声誉。

还有学者呼吁政府删除协议中「重叠主张」一词。

印尼智库「海洋司法倡议组织」（IOJI）海上安全项目总监安德烈亚斯（Andreas Salim）说：「现在是推动删除『重叠主张』一词的最佳时机，因为其目前是在不具有约束力文件中的一部分。」