但去年5月，国经中心理事长毕井泉（曾任国务院副秘书长、国家食品药品监督管理总局局长）落马；今年1月，国经中心业务主管单位由发改委变为社科院，社科院副秘书长马援兼任中心党委书记。

报道指出，1月17日，中国社科院在北京举行国经中心工作座谈会，院长高翔主持会议并讲话。会议指出，社科院党组将“坚决扛起政治责任”，全面加强国经中心政治建设，“要把纪律建设摆在突出位置，把制度建起来、纪律严起来、规矩立起来”。

报道表示，这次座谈会所发出的新闻稿，在在显示国经中心“在纪律规矩方面出了问题”。

报道引述陆媒透露，国经中心多年来承接地方政府课题并收取谘询服务费，过程中“存在一些可能不合规的争议”，而一些在国经中心任职的退休高干已经退回所取费用，当中不乏金额巨大的情况。

报道分析，国经中心经此变故，眼下既受到官方加强管理，也因毕井泉出事而群龙无首；国经中心划归社科院这个意识形态重镇管辖之后，已经不再具备之前所标榜的独立性，也标志着这个“超级智库”的式微。